27e journée du projet CaSciModOT

le lundi 11 décembre 2017, à l'amphitéâtre de l'IRD, Université d'Orléans

Organisateur de la journée : Sophie Robert et Jean-Louis Rouet.

L'après-midi de cette journée est consacrée à l'Intelligence Artificielle.

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00--10h30 Magali Ribot (MAPMO, Orléans)
  Quelques exemples de modèles mathématiques pour la biologie
• 10h30--11h00 Hamidréza Ramézani (ICMN, Orléans)
  Calcul parallèle et simulation moléculaire d'adsorption dans les matériaux carbonés
• 11h00--11h30 Pause
• 11h30--12h00 Guillaume Richard (ISTO, Orléans)
  From Melt Percolation in the upper mantle to the Lithosphere Asthenosphere Boundary
• 12h00--13h30 repas à l'Agora
• 13h30--14h00 Matthieu Exbrayat (LIFO, Orléans)
  Une petite introduction à l'intelligence artificielle
• 14h00--14h30 Vincent Labbé (BRGM, Orléans)
  Intelligence Artificielle & GéoSciences - cas d'étude : où chercher de l'or en Bretagne ? Retour d'expérience sur un concours de cartographie prédictive
• 14h30--15h00 Anaïs Lefeuvre-Halftermeyer (LIFO, Orléans)
  Du traitement automatique du langage à l'IA
• 15h00--15h30 Pause
• 15h30--16h00 Moncef Hidane (LI, Tours)
  Multi-label classification using a map between sparse representations application to retinal blood vessel segmentation
• 16h00--16h30 Aladine Chetouani (Prisme, Orléans)
  Reconnaissance automatique de motifs pour l'analyse archéologique de tessons céramiques
• 16h30--17h00 Conclusions de la journée et informations sur ICON et GSON

26e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 22 juin 2017, Faculté de médecine, site Tonnelé, Tours

Sur le thème : données de terrain et modèles, une interaction à double sens Organisateur de la journée : Sten Madec

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 9h55--10h30 Yann Jullian & Cécile Poisvert (CaSciModOT, GéHCO, Tours)
  Complétion et désagrégation de données agricoles pour un calcul de surplus azoté
• 10h30--11h05 Nicolas Azzopardi, Sten Madec, David Ternant & Vincent Perrollaz (CHU & LMPT, Tours)
  Influence de la masse antigénique sur la pharmacocinétique des anticorps thérapeutiques et modèle TMDD et effet éponge
• 11h05--11h40 Kevin Bourgeois (LIFO, Orléans)
  Efficient Implicit Parallel Patterns for Geographic Information System.
• 11h40--12h15 Camille Coron (LMO, Paris)
  Estimation d'abondances relatives d'espèces à l'aide de données opportunistes
• 12h15 repas et réunion comité
• 14h00--14h35 Didier Mathieu (CEA, Tours)
  Propriétés physico-chimiques des composés organiques: modèles exploitant théories physiques et données empiriques/li>
• 14h35--15h10 Thierry Dudok de Wit (LPCEE, Orléans)
  Mesure du rayonnement solaire par satellite : de la fusion de données en jonglant avec les incertitudes
• 15h10 Pause
• 15h30--16h05 Phillipe Gayral (IRBI, Tours)
  Découverte de nouveaux virus : l'apport des données de séquençage haut débit d'animaux non modèles pour comprendre l’évolution virale
• 16h05--16h40 Thomas Duge De Bernonville (BBV, Tours)
  Réutilisation de données de séquençage de transcriptomes: création de larges données pour la compréhension de processus biologiques
• 16h40--17h00 Informations CaSciModOT
• 17h00 fin de la journée

25e journée du projet CaSciModOT

le lundi 12 décembre 2016 au BRGM (Orléans)

Une partie de cette journée a été consacrée au Big Data vu par les entreprises.

Organisateurs de la journée : Fabrice Dupros et Jean-Louis Rouet

Programme

•   9h00 -  9h45 Café acueil des participants
•   9h45 - 10h00 Mot d'accueil par François Robida – (BRGM)
• 10h00 - 10h30 Konrad Hinsen (CBM, CNRS)
  Scientific notations for the digital era
• Projet d'institut de Convergences ICON
• 10h30 - 11h00 Patrick Darmon (Groupe ATOS)
  Big Data et apllications
• 11h00 - 11h30 Pause
• 11h30 - 12h00 Christophe Cerqueira (Ingensi, Groupe Cyres)
  Le big data et le calcul prédictif
• 12h00 - 12h30 Denis Wouters (Cybeletech)
  Technologies du big data appliquées à l'agriculture
• 12h30 - 14h00 repas
• 14h00 - 14h30 Toko Kamtchueng (Université Orléans, ISTO et BRGM)
  Solution semi-analytique et approches numériques du transfert réactif dans un modèle de réseau de pores saturés en eau
• 15h00 - 15h30 K. Bourgeois (LIFO, Université Orléans, Géohyd)
  Du calcul dynamique des bassins versants à un framework de parallélisme implicite pour les SIG
• 15h30 - 16h00 Pause
• 16h00 - 16h30 Florent De Martin et Faiza Boulahya (BRGM)
  Quantification des incertitudes en sismologie et Bigdata
• 16h30 - 17h00 Stéphane Cordier (Université Orléans, MAPMO)
  Projet d'institut de Convergences ICON en présence d'A. Bruand, Président de l'Université d'Orléans
• 17h00 - 17h15 : Clôture par Pierre Toulhoat (Directeur Scientifique du BRGM)

24e journée du projet CaSciModOT

le vendredi 17 juin 2016, à l'université de Tours, Amphithéâtre A50, UFR Sciences Pharmaceutiques

Organisateur de la journée : Romain Yvinec.

Une partie de cette journée sera consacrée à la présentation de R. Pour la présentation du langage R, vous êtes invités à apporter votre ordinateur portable sur lequel vous aurez installé une version de R au préalable (par exemple Rstudio, avec les paquets ade4 et mixtools via la commande R : install.packages("ade4") et install.packages("mixtools") ).

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00--10h30 Anmar Khadra (McGill, Montreal, Canada)
  Modeling electrical activities of gonadotropin-releasing hormone neurons
• 10h30--11h00 Arsene Ella (INRA, Tours)
  Construction of a probabilistic sheep brain model from high resolution MRI
• 11h00--11h30 Pause
• 11h30--12h30 Didier Chauveau (MAPMO, Orléans)
  mini cours "R" partie 1
• 12h30--14h00 repas
• 14h00--15h00 Didier Chauveau (MAPMO, Orléans)
  mini cours "R" partie 2
• 15h00--15h30 Didier Chauveau (MAPMO, Orléans)
  Simulation based Nearest Neighbor entropy estimation for MCMC evaluation
• 15h30--16h00 Pause
• 16h00--16h30 Mindjid Maizia (Citeres)
  Modélisation toaster : exemple d'application à l'énergétique urbaine
• 16h30--17h00 Julien Barré (MAPMO, Orléans)
  Modélisation de pièges magnéto-optiques
• 17h00 fin de la journée

23e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 10 décembre 2015, à l'université de d'Orléans, amphitéâtre de l'IRD, 5 rue du carbone.

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00--10h30 Amina Nouhou-Bako (INRA, Orléans)
  Un modèle èrosion diffuse des sols : prise en compte de l'intéraction gouttes – écoulement
• 10h30--11h00 Romain Yvinec (INRA, Tours)
  Is it possible to obtain reliable parameter values using parameter optimisation in dynamical models for systems biology?
• 11h00--11h20 Pause
• 11h20--12h50 Samia Aci-Sèche (ICOA, Orléans)
  Structural bioinformatics and chemoinformatics for kinase drug discovery
• 12h50--12h20 Jacqueline Lafont-Terranova (LLL, Orléans)
  Modéliser le processus d'écriture pour accompagner les pratiques d'écriture à l'université
• 12h20--14h00 déjeuner
• Après-midi SPÉCIAL PYTHON : une large place est donnée à la prise en main de Python. Apportez votre ordinateur sur lequel vous aurez installé Python 3 (par exemple la distribution anaconda 3.5).
• 14h00--14h30 Pourquoi Python (Mathieu Liedloff, LIFO)
• 14h30--15h15 Prise en main de Python (Vincent Perrollaz, LMPT)
• 15h15--15h45 pause
• 15h45--16h15 Notebook (Vincent Perrollaz, LMPT)
• 16h15--16h45 Python et interface graphique (Denys Duchier, LIFO)
• 16h45--17h15 Python et calcul scientifique (Thierry André et Song Zhao, ICARE)
• 17h15 fin de la journée

22e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 8 juillet 2015, à l'université de Tours, site du plat d'étain, amphitéâtre Beaumont (amphi D)

Organisateur de la journée : David Ternant

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h--10h30 Rachid Jennane (I3MTO, Orléans)
  Caractérisation morphologique et biomécanique du tissu osseux
• 10h30--11h Yann Jullian (CaSciModOT, Tours)
  Filtrage non-local 4D d'images TEP dynamiques et Retour d'expériences sur l'accélération et la restructuration de codes
• 11h--11h30 Pause
• 11h30--12h Cyrille Piatecki (LÉO, Orléans)
  Matching dynamics in a multi-agents setting
• 12h--12h30 Yann Jullian (Cascimodot, Tours)
  Accélération et restructuration de codes, retour d'expériences
• 12h30--14h30 Pause déjeuner
• 14h30--15h Nicolas Azzopardi (GICC, Tours)
  Modélisation de la relation dose-concentration-effet des anticorps thérapeutiques - Vers une approche mécanistique
• 15h--15h30 Hélène Blasco (LBBM, Tours), Jean-Charles Billaut (LI, Tours) et Roman Slowinski (Institute of Computing Science, Poznań University)
  Comparaison d'une méthode d'analyse multivariée OPLS-DA et d'une méthode de fouille de données pour l'identification de biomarqueurs de Sclérose Latérale Amyotrophique par approche métabolomique
• 15h30--15h50 Laurent Catherine (OSUC, Orléans)
  Artemis ou les nouveaux outils du CCSC
• 15h50--16h Gerald Kneller (CBM, Orléans)
  Appel à projets de la MISC
• 16h30 Fin de la journée
• 16h30--17h30 Comité de pilotage CaSciModOT-MISC

21e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 17 décembre 2014, à l'université de d'Orléans, Observatoire des Sciences de l'Univers en région Centre (OSUC), Batiment ISTE

Organisateurs de la journée : Déborah Nourrit, Jean-Louis Rouet. Cette journée a aussi la particularité d'être la deuxième journée du projet de la Maison Interdisciplinaire pour les Systèmes Complexes (MISC).

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00 A. Sbai (BRGM)
  FracMesher2D : A free software for meshing two-dimensional fractured porous media by a constrained Delaunay-based method
• 10h30 A. Duittoz et C. Georgelin (INRA et LMPT, Tours)
  "Playing pools" ou comment modéliser la sécrétion pulsative des neurones à GnRH
• 11h00 A. Kourta, N. Mazellier (PRISME, Orléans)
  Calcul d'écoulements turbulents autour de véhicule terrestre ou aérien
• 11h30 Pause
• 11h45 D. Nourrit (MAMO, Orléans)
  Une dimension fractale du processus d'apprentissage moteur
• 12h15 G. Richard (ISTO, Orléans)
  Formation d'un Océan de Magma profond: Un modèle numérique
• 12h45 déjeuner
• 14h30 T. Dugé de Bernonville (Biomolécules et Biotechnologies Végétales, Tours)
  Exploiting Catharanthus roseus transcriptome resources to elucidate the biosynthesis of monoterpene indole alkaloids
• 15h00 S. Cadars (CEMHTI, Orléans)
  Modélisation du désordre associé aux substitutions atomiques dans les matériaux
• 15h30 I. Gokalp et I. Fedioun (ICARE, Orléans)
  Simulation numérique des écoulements réactifs dans le cadre du Labex CAPRYSSES
• 16h00 Discussion générale, projet MISC et présentation du nouveau Centre de Calcul en région Centre (CCSC)
• 16h30 Inauguration de la nouvelle infrastructure du CCSC

20e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 19 juin 2014, à l'université de Tours,
au Centre d'étude supérieure de la Renaissance CESR, Salle Rapin, 59 Rue Néricault-Destouches

Organisateurs de la journée : Anne Duittoz, Patrick Martineau, Gerald Kneller, Déborah Nourrit,
Cette journée a aussi la particularité d'être la première journée du projet de la Maison Interdisciplinaire pour les Systèmes Complexes (MISC)

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00 P. Vendrix (CESR, Tours)
  Présentation d'Ipat et de Biopatic
• 10h15 L. Rageot (MSH, Tours)
  Présentation de l'atelier numérique de la Maison des Sciences de l'Homme Val de Loire
• 10h30 J. Dargaisse (Cantine numérique, Tours)
  Présentation de la cantine numérique
• 11h00 A. Batakis (MAPMO, Orléans)
  Géométrie fractale de l'urbanisme
• 11h30 O. Baude (LLL, Orléans))
  Présentation de la TGIR Humanum
• 12h00 déjeuner
• 14h00 G. Sauvannet (Tours)
  Association "autour du train"
• 14h30 B. Piégu (INRA, Tours)
  Parallélisation de dotter
• 15h00 S. Madec et C. Suppo (LMPT et IRBI, Tours)
  Dynamique des populations ; modèles proies-prédateurs
• 15h30 K. Hinsen (CBM, Orléans)
  Comment rendre les simulations moléculaires reproductibles
• 16h00 Le paysage des projets interdisciplinaires en région Centre (CaSciModOT, MISC, ...), Numérinov et discussion générale
• 17h00 Fin de la journée