19e journée du projet CaSciModOT

le mardi 26 novembre 2013, campus de l'université d'Olréans, amphitéâtre de l'IRD, 5 rue du Carbone

Organisateurs de la journée : Sophie Robert et Jean-Louis Rouet.

Programme

• 9h00 Accueil des participants à l'IRD
• 10h00 Nicolas Debarsy (LEO, Orléans)
  le projet VITAMINES
• 10h20 Deborah Lucas (MAPMO, Orléans)
  le projet Dynamo
• 10h40 Jean-Baptiste Saes (Neodyme)
  Savoir faire de Neodyme en maillage et modélisation 3D sur le risque industriel
• 11h10 Serge Galam (CNRS), Alexandre Delanoë (Mines ParisTech, CSI et EHESS, CAMS)
  Extraire des données de la presse pour découvrir ce qui les produit : le cas de la controverse sur la mort anormale de l'abeille
• 12h00 déjeuner au restaurant l'Agora
• Session ''démo''
  • 14h00 Alex Upellini (Wolfram)
    Technologies Wolfram
  • 14h30 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
    Active Paper
• 15h00 Christophe Cerqueirau (groupe Cyrès)
  Big Data
• 15h30 Kirill Okhotnikov (CEMHTI, Orléans)
  Exploration of material properties : Interactive approach at atomic scale
• 16h00 Alain Cabrel Ngandjong (CRMD)
  Modélisation Monte Carlo de nanoparticules métalliques : Effet du support de silice amorphe
• 16h20 François Nemo, Mélanie Petit (LLL)
  Discrimination automatique du sens d'emploi des mots par l'intonation
• 17h00-17h30 Discussions et projet MISC
• 17h30 Clôture de la journée

18e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 26 juin 2013à l'université de Tours, Faculté des Sciences et Techniques, Amphi E030.

Organisateur de la journée : Guy Barles et Anne Duittoz.

Programme

• 9h15 Accueil des participants
• 10h00 Maitine Bergounioux (FDP-MAPMO, Orléans)
  Modèles de segmentation pour l'angiographie cérébrale
• 10h30 Denis Mulleman (GICC, Tours)
  Imagerie et réponse au traitement par anticorps anti TNF alpha dans la polyarthrtie rhumatoïde
• 11h00 Jérôme Barthélemy (Groupe Articque Solutions)
  GéoIntelligence : vers des solutions collaboratives
• 11h20 Isabelle Sauvage (IBM France)
  IBM met la technologie Flash au cœur des systèmes d'information pour aider à accélérer les applications d’analyse de données dans le domaine du Big Data
• 12h00 déjeuner
• 14h30 David Ternant (GICC, Tours)
  Apport de la modélisation pharmacocinétique et PK-PD dans l'étude de la variabilité de l'effet des anticorps thérapeutiques dans les maladies inflammatoires
• 15h00 Nicolas Azzopardi (GICC, Tours)
  Apport de la modélisation pharmacocinétique et PK-PD dans l'étude de la variabilité de l'effet des anticorps thérapeutiques anticancéreux
• 15h30 F. Moatar, F. Curie (GéHCO, Tours) et E. Melin (LIFO, Orléans)
  Simulation de la température des cours d'eau à une échelle régionale à l'aide du calcul parallèle
• 16h00 Elodie Chaillou (PRC-INRA), Jean-Yves Ramel (LI, Tours)
  Création d'atlas du cerveau de brebis: intérêt d'une approche basée graphe
• 16h30 Discussion générale et dernières nouvelles de Cascimodot
• 17h30 Fin de la journée

17e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 6 décembre 2012 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Organisateurs de la journée : Simona Mancini et Sylvain Jubertie.

Programme

• 9h45-10h15 Accueil des particsipants


• 10h15-10h45 Patxi Ritter (LPCEE, Orléans)
  Modélisation d'ondes gravitationnelles
• 10h45-11h15 Joeffrey Légaux (LIFO, Orléans)
• 11h15-11h45 Thomas Haberkorn (MAPMO, Orléans)
  Transfert interplanétaire et contrôle optimal
• 11h45-12h15 C. David (société Neodyme)
• 12h15 déjeuner au restaurant le Lac sur le campus


• 14h00-14h30 Nicolas Saby (INRA, Orléans)
  Modélisation statistique de la distribution spatio-temporelle des propriétés du sol à l'échelle de la France
• 14h30-15h00 Christian Laguerre (MAPMO, Orléans)
  Parallélisation de l'équation de Saint-Venant avec SkelGIS et MPI
• 15h00-15h30 Indira Molina (ISTO, Orléans)
  Convection et dégazage d'un système magmatique : le cas du lac de lave de l'Erebus, Antarctique
• 15h30-16h00 Cécile Louchet (MAPMO, Orléans)
  Statistiques fonctionnelles pour l'imagerie hyperspectrale
• 16h00 pause


• 16h15-16h45 Gareth Leng (University of Edinburgh)
  Bursting in vasopressin neurons
• 16h45-17h15 Anne Duittoz (INRA, Tours)
  Réseau de neurones GnRH : aspects spatiaux et temporels
• 17h15 Clôture de la journée

16e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 21 juin 2012 au département d'informatique de l'université de Tours

Organisateur de la journée : Patrick Martineau.

Programme sur le thème: GPU (entre-autres)

• 10h0-10h30 Accueil des participants
• 10h30-12h00 Sylvain Jubertie (LIFO, Orléans)
  Séance sur les GPU : tutoriel
• 12h00 déjeuner
• à partir de 14h00
  • Jean-Yvess Ramel (LI, Tours)
    Le projet Google "Étude des documents anciens"
  • Xavier Druart (INRA, Tours)
    Sur la mobilité des spermatozoïdes
  • Thierry Brouard (LI, Tours)
    Utilisation des GPU (rappel sur l'intérêt et l'évolution des langages), sous réserve
  • Simona Mancini (MAPMO, Orléans)
    Sur un modèle d'aide à la décision en neurosciences
  • Laurent Catherine, Stéphane Cordier, Jean-Louis Rouet
    Présentation du projet du nouveau site Web et du formulaire pour l'annuaire CaSciModOT
• 17h00 Clôture de la journée

15e journée du projet CaSciModOT

le mardi 13 décembre 2011 au Centre INRA d'Orléans,salle J. Chaussidon

Organisateurs de la journée : Frédéric Darboux et Carine Lucas.

Le 1er concours Cascimodot !

En connexion avec le thème de la journée, nous vous demandons de proposer une définition imagée de la modélisation. Une phrase de la forme "La modélisation, c'est comme _____ : ______." (du genre "La modélisation, c'est comme partir en voyage : vaut mieux avoir quelques bagages avec soi"). Le concours est clos, les propositions et résultats sont disponibles ci-dessous.

Programme sur le thème "ModélisationS"

• 09h15-09h45 Accueil des participants
• 09h45-09h50 Frédéric Darboux (Science du sol, INRA, Orléans)
  Introduction
• 09h50-10h05 Gabriel Bergounioux (LLL, Orléans)
  Etymologie et morphologie : ce que veut dire modélisation
• 10h05-10h25 Christelle Apha Niango, Hélène Muranty et Leopolod Sanchez (AGPF-INRA, Orléans)
  Modèles pour la simulation en génétique quantitative et de populations
• 10h25-10h45 Elodie Charles (BRGM, Orléans)
  Régionalisation dynamique des conditions de vague dans le Golfe de Gascogne pour différents scénarios futurs d'émission de gaz à effet de serre
• 10h45-11h05 Manuel Martin (Infosol-INRA, Orléans), J. Sierra, D. Delannoy , D. Ripoche, D. Arrouays et N. Brisson
  Comportement de deux modèles de dynamique de la matière organique dans les sols à l'horizon 2100
• 11h05-11h20 Frédéric Darboux (Science du sol, INRA, Orléans)
  Rédaction en ligne : Etherpad et ScribTeX (démonstration)
• 11h20-11h35 Carine Lucas (MAPMO, Orléans)
  Développement avec SourceSup (démonstration)
• 11h35-11h45 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
  Gestion de versions avec Mercurial (démonstration)


• 11h45-13h30 Pause déjeuner (assurée sur place)


• 13h30-14h00 François James (MAPMO, Orléans) et Pascal Brault (GREMI, Orléans)
  Un modèle de particules en interaction pour une équation d'interface
• 14h00-14h20 Line Jourdain (LPC2E, Orléans)
  Étude du devenir et de l'impact des composés halogénés émis par les volcans à l'aide d'un modèle atmosphérique méso-échelle
• 14h20-14h50 Anne Poupon (BIOS-INRA, Tours)
  Inférence de réseaux biologiques à partir des données expérimentales
• 14h50-15h05 Stéphane Cordier (MAPMO, Orléans)
  Le point sur Cascimodot
• 15h05-15h15 Propositions au concours de "La meilleure définition imagée de la modélisation" (vote)
  Résultat du vote par une méthode d'approbation :
  

  Récipiendaires du premier concours, à gauche C. Louchet, 1er prix pour la proposition 9, à droite F. James et G. Barles 2ème et 3ème ex aequo pour les propositions 26 et 24 (tous sont de la FDP, est-ce un hasard ?)

• 15h15-15h35 Pause café
• 15h35-16h05 Christophe Hurlin (LEO, Orléans)
  Modélisation économique interactive : projet RunMyCode
• 16h05-16h20 Yves Martinez (MAPMO, Orléans)
  Différents critères d'optimalité en plans d'expérience. Un exemple d'application en milieu industriel
• 16h20-16h50 Frédéric Loulergue (LIFO, Orléans)
  Modélisation en théorie des types : application au développement de programmes parallèles corrects

14e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 30 juin 2011 au CEA Le Ripault

  Organisateurs de la journée : Anne Duittoz, Philippe Simonetti

Programme sur le thème: Traitement de gros volumes de données, fouille de données, visualisation de données.

• 9h30-10h00 Accueil des participants.
• 10h00-10h30 Ismael Cognard (LPCEE, Orléans)
  Trouver un nouveau pulsar avec un radiotélescope : 30 Go de données pour une détection à 7 ou 8 sigma
• 10h30-11h00 Hélène Muranty, Leopoldo Sanchez (INRA, Orléans)
  Sélection géomique : quelles données, comment les traiter ou l'alphabet Bayésien des généticiens
• 11h00-11h30 Anne Poupon (INRA, Tours)
  HYPE, méthode hybride pour l'estimation de paramètres dans les réseaux biologiques
• 11h30-12h00 Hélène Coullon (Geo-Hyd), Emmanuel Melin (LIFO, Orléans)
  Parallélisation des problèmes Géographiques
• 12h00 buffet - déjeuner
• 13h15 Visite du Pôle Polymère Plasturgie Composite de la plateforme AlHyance Innovation
• 14h30-15h00 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
  La recherche reproductible : archiver et publier données et calculs
• 15h00-15h30 Marie-Dominique Vandamme (IFN, Nogent-sur-Vernisson)
  Entrepôt de données géolocalisées
• 15h30-16h00 Session ''démo''
  • Christian Laguerre (MAPMO, Orléans)
    Condor (présentation)
  • Jean-Louis Rouet (ISTO, Orléans)
    Gnuplot
• 16h00-16h30
  • Christine Ménache (CEA)
    Présentation du CCRT
  • Edouard Audit (Maison de la modélisation, CEA)
    Projet DIGISCOPE
  • Denis Rochais (CEA), Mireille Gaillard (GREMI, Orléans)
    Exemple d'utilisation du CCRT - Projet NANOTHERM : modélisation d'un drain thermique à l'échelle nanométrique
• 16h30 Clôture de la journée.

13e journée du projet CaSciModOT le 01 juillet 2010

le 01 juillet 2010, auditorium Charles Sadron, déléguation régionale, campus CNRS d'Orléans

Organisateurs de la journée : Stéphane Cordier, Jean-Louis Rouet

Programme

• 9h30-10h00 Accueil des participants
• 10h00-10h45 Pascal Mignerot (CEA Le Ripault, Tours)
  Accès aux moyens de calcul CEA en région Centre
• 10h45-11h05 Masoomeh Taghipoor (LMPT, Tours)
  Modélisation de la digestion dans l'intestin Grèle
• 11h05-11h30 Pause
• 11h30-12h00 Dans le cadre de l'inauguration du CCSC ''2 exemples de son utilisation''
  • 11h30-11h45 Michel Pirre (LPC2E, Orléans)
    Modélisation 3D à l'échelle régionale des processus physique et chimique de l'atmosphère terrestre
  • 11h45-12h00 Sylvian Cadars, Thomas Poumeyrol, Pierre Florian, Jonathan Yates, Franck Fayon et Dominique Massiot (CEMHTI, Orléans)
    Modélisation Moléculaire et Calculs de Spectres de Résonance Magnétique Nucléaire pour la Caractérisation des Matériaux
• 12h00-13h00 Inauguration du Centre de Calcul Scientifique en région Centre (CCSC), accueil par Mme E. Vergès, directrice de l'OSUC, inauguration en présence de M. P. Riehl, vice-président de la Région Centre, chargé de l'enseignement supérieur, de la recherche et des formations sanitaires et sociales
• 13h00-14h30 Déjeuner au restaurant du CNRS
• 14h30-15h15 Francesco Piazza (CBM, Orléans)
  Modèles gros grains de la dynamique des protéines
• 15h30-16h00 Session ''démo''
  • Léonard De Izara (ISTO et ICARE, Orléans)
    Maxima
• 16h00-16h45 Fabrice Dupros (BRGM, Orléans)
  Modélisation sismique sur architectures multicoeurs

12e journée du projet CaSciModOT

le 01 juillet 2010 à l'INRA - Centre de Tours - Nouzilly

Organisateurs de la journée : Anne Duittoz et Stéphane Cordier

Programme

• 9h30-10h15 Accueil des participants
• 10h15-11h00 Antti Niemi (LMPT, Tours)
  Protein folding as a theoretical and computational challenge
• 11h00-11h30 Session ''démo'' : les présentations rapides des sessions ''démo'' donne une idée sur les domaines d'applications et les possibilités d'un logiciel. Suivant l'intérêt suscité, une version longue sera organisée dans le cadre de l'atelier-développeurs.
  • Thomas Haberkorn (MAPMO, Orléans)
    IPOPT (présentation)
  • Olivier Delestre (INRA, Orléans)
    PEST (présentation)
• 11h30-11h45 Pause
• 11h45-12h30 Ivan Fedioun (ICARE, Orléans)
  Approche MILES pour les écoulements compressibles, multiespèces et réactifs
• 12h30-14h00 Déjeuner sur le centre de l'INRA
• 14h00-14h45 Norbert Garnier (CBM, Orléans)
  Simulations numériques de bio molécules
• 14h45-15h15 Session ''démo''
  • Didier Chauveau (MAPMO, Orléans)
    le logiciel R (présentation)
  • Matthieu Exbrayat (LIFO, Orléans)
    Explorer3D (présentation)
• 15h15-16h00 Géraldine Pascal (INRA, Tours)
  Phyleas Prog: pipeline pour l'analyse de l'évolution des gènes
• 16h00-17h00 Informations sur les projets
  • Le Centre de Calcul Scientifique en région Centre (CCSC) : bilan après un an d'utilisation
  • Présentation des projets du Cluster pour le prochain quadriennal