7e journée du projet CASCIMODOT

le 6 décembre 2007 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Organisateurs de la journée : Stéphane Cordier et Jean-Louis Rouet

Programme

• 9h30-10h Accueil des participants au RDC du bâtiment de mathematiques
• 10h-10h45 Christelle Robinet (INRA, Orléans)
  Modélisation de l'expansion d'un insecte forestier sous l'effet du changement climatique
• 10h45-11h30 Philippe Lescoat (INRA, Tours)
  Modélisation mathématique de l'intestin grêele : un progrès nécessaire en nutrition animale et humaine
• 11h30-12h Gerald Kneller (CBM, Orléans et Synchrotron Soleil)
  Simulation massivement parallèle de systèmes biomoléculaires
• 12h-14h30 Déjeuner à l'Agora
• 14h30-15h15 Emmanuet Trélat (MAPMO, Orléans)
  Contrôle optimal de la rentrée atmosphérique d'une navette spatiale
• 15h15-16h Jean-Marc Bauchire (GREMI, Orléans)
  Simulation numérique d'un arc électrique : premier pas vers les applications des plasmas thermiques
• 16h-16h45 Dimitri Davidenko (ICARE, Orléans)
  Calcul parallèle d'écoulement réactifs compressibles
• 16h45 Conclusions de la journée
• 17h-18h Comité de pilotage (Compte rendu)

6e journée du projet CASCIMODOT

le jeudi 5 juillet 2007 à l'UFR Sciences de l'université de Tours

Modélisation en Biologie

La modélisation en biologie connait un regain d'intérêt exceptionnel ces dernières années. Les outils (en particulier, informatiques et mathématiques) autant que les motivations biologiques sont nombreux et divers. Cette journée vise à donner un éclairage sur certains de ces aspects avec, pour objectif, de stimuler le dialogue sur des questions liées aux comportement et à l'adaptation, non seulement entre informaticiens, mathématiciens et biologistes mais aussi avec d'autres disciplines.

Programme

• 9H30 Accueil des participants
• 10h - 12h : Session "Évolution adaptative" avec des exposés de :
  • Mathias Gauduchon (Univ. P. et M. Curie)
    Coévolution du mutualisme et exploitation par des espèces tricheuses
  • Benoit Perthame (ENS & IUF)
    Évolution adaptative: un point de vue asymptotique
• 12h15 : Déjeuner
• 14h30 : Session "Fourmis": Nicolas Monmarché et Alain Lenoir (LI, Tours)
  Des fourmis réelles aux fourmis artificielles. Deux exemples d'approches biomim'etiques de la résolution de problèmes en informatique
• 15h30 : Pause café
• 16h00 : P.-E. Jabin (Université de Nice-Sophia Antipolis)
  Sur un modèle de croissance de coraux structuré par taille
• 17h00 : Fin de la journée
• 17H15 : Réunion du comité de pilotage (Compte rendu)

5e journée du projet CASCIMODOT

le 24 Novembre 2006 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Organisateur de la journée : Jean-Louis Rouet (ISTO).

Programme

• 9h-9h30 Accueil des participants
• 9h30-10h15 Alain Burgisser (ISTO,Orléans)
  De la simulation numérique en volcanologie
• 10h30-11h15 Damien Soulat (LMSP, Orléans
  Simulation numérique des procédés de fabrication des pièces composites
• 11h15-12h Abdeljalil Ouahabi (LMR, Tours)
  Formalisme multifractal fondé sur les ondelettes
• 12h-14h Déjeuner au restaurant universitaire
• 14h15-15h Boujema Izrar (Aréothermique, Orléans)
  Simulation des écoulements à haute enthalpie pour les rentrées planétaires
• 15h-15h45 Anne Duittoz (INRA, Tours)
  Contrôle de la reproduction des mammifères : une histoire de réseau neuronal ?
• 16h-16h45 Pr. Gilles Paintaud et David Ternant (IPGA, Tours)
  Modélisation de la relation concentration - effet des médicaments chez l'homme, et Modélisation de la relation entre les concentrations de globulines antilymphocytaires chez les transplantés rénaux et la dépletion des lymphocytes sanguins
• 16h45 Conclusions de la journée
• 17h-18h Comité de pilotage (Compte rendu)

4e journée du projet CASCIMODOT

le 23 Juin 2006 à l'université de Tours

Organisateur de la journée : Yves Lansac (LEMA)

Programme

• 9h-9h30 Accueil des participants
• 9h30-10h15 Florentina Moatar (GEEAC, Tours)
  Modélisation hydraulique et sédimentaire de la Loire et ses chenaux secondaires au cours d'une crue (cas de Bréhémont)
• 10h30-11h15 Frederic Darboux (INRA, Orleans)
  METHODE : Modélisation de l'écoulement sur une topographie avec des hétérogéné\"ites orientées et des différences d'échelle
• 11h15-12h Aurelien Monge (ICOA, Orléans)
  De la chimiotheque au criblage virtuel
• 12h-14h Déjeuner au restaurant universitaire
• 14h15-15h François James (MAPMO, Orléans)
  Identification d'isothermes en chromatographie
• 15h-15h45 Jacques Cabaret, S. Gaba, A. Silvestre (INRA, Tours)
  Modélisation du cycle des strongles digestifs parasites des petits ruminants : utilisation pour l'étude de l'evolution de la résistance aux antiparasitaires
• 16h-16h45 Yun Hee Jang (GIST, Corée et LEMA, Tours)
  Rotaxane molecular switch: molecular modeling
• 16h45 - Conclusions de la journée.
• 17h-18h Comité de pilotage (Compte rendu)

3e journée du projet CASCIMODOT

le 18 novembre 2005 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Suite à un problème de sauvegarde, le programme original n'est plus disponible. Celui-ci est reconstitué de mémoire et par ordre alphabetique.

Programme

• 9h30 Accueil dans l'amphi Herbrand.
• P.-L. BLelly (LPCE, Orléans) Une stratégie de grille pour la météorologie spatiale : Cas du couplage ionosphère-magnétosphère
• P. Brault (GREMI, Orléans) Étude par Dynamique Moléculaire Parallèle du transport de platine dans du carbone poreux
• F. Dupros (BRGM, Orléans)
• Projet Infrastructure pour Grappe, Grille et Intranet (IGGI)
• Y. Lansac (LEMA, Tours)
• Modélisation moléculaire de fluides complexes
• E. Melin (LIFO, Orléans)
• Environnement pour la viusalisation de simulations sceintifiques interactives sur architectures couplées
• J. Puibasset (CRMD, Orléans)
• Modélisation des propriétés thermodynamiques des fluides confinés: cas de l'eau dans des silices mésoporeuses hydrophiles
• J.-L. Rouet (MAPMO et ISTO, Orléans)
• Analyse multifractale et application à un modèle d'univers en expansion
• J. Vairon (BRGM, Orléans)
• La réalité virtuelle dans les géosciences
• 17h Réunion du comité de pilotage (Compte rendu)

2e journée du projet CASCIMODOT

le 28 juin 2005 au laboratoire d'informatique de l'université de Tours

Cette journée s'inscrit dans la continuité de la 1ière journée organisée le 19 novembre 2004 à Orléans.

Programme

• 9h30 - Accueil des participants
• 10h - M. Perotin (LI, Tours)
  Une synthèse des différents outils pour la parallélisation
• 11H - Démonstration de la mise en oeuvre de calculs parallèles dans une salle de TP
• 12H - E. Le Guirriec (MAPMO, Orléans)
  Retour d'expérience de l'installation de Condor à Orléans
• 12h30 - Déjeuner au restaurant de l'EIT
• 14h - Gaetan Hains (LIFO, Orléans)
  La programmation parallèle au LIFO
• 14h30 - Frédéric Loulergue (LIFO, Orléans)
  langage BSML
• 15h - Konrad Hinsen (LLB, CEA Saclay, CBM, Orléans)
  Comment rendre le parallélisme accessible au chercheur
• 15h30 - Ivan Fedioun (LCSR - Fédération EPEE, Orléans)
  Calcul de combustion turbulente avec chimie au LCSR
• 16h - Jean Lerbet (université de Tours)
  Quelques questions à l'interface géométrie-mécanique
• 16h45 - Conclusions de la journée.
• 17h - Réunion du comité de pilotage (Compte rendu)

1ière journée du projet CASCIMODOT

le 19 novembre 2004 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Thème : " Transformer une salle de TP informatique en grappe de PC : quelles solutions ? pour quelles applications ? " Le thème de la journée est de faire le point sur différentes solutions pour utiliser les ressources informatiques pour faire du calcul scientifique , typiquement pour transformer une salle de travaux dirigés informatiques en grappe de PC et d'autres part de présenter quelques domaines de recherches dans les équipes du PPF qui seraient susceptibles d'utiliser de tels moyens de calcul.

Programme

• 9h30 Accueil en salle DESS du bâtiment de mathématique.
• 10h O. Ricou (LRDE, EPITA)
  Condor, un grapilleur de ressource (voir également autres ressources)
• 10h40 M. Perotin (LI, Tours)
  Alices: de la salle de TP au SSI
• 11h20 O. Lodygensky (Orsay)
  Xtremweb
• 12h P. Augerat (ICATIS)
  ComputeMode : une solution, compatible Windows et Linux, de cluster virtuel pour salles de PC
• 12h40 Déjeuner à l'AGORA
• 14h G. Kneller (CBM, Orléans)
  Simulation et modélisation de la dynamique des protéines
• 14h40 C. Magal (IRBI, Tours)
  Propagation spatio-temporelle d'une mineuse et de ses parasitoïdes
• 15h20 J.-P. Remenieras (LUSSI, Tours)
  Calcul résolu en temps d'ondes propagatives (acoustiques) en domaine borné
• 16h E. Olive (LEMA, Tours)
  Dynamique chaotique de vortex dans un supraconducteur
• 17h Réunion du comité de pilotage (Compte rendu)

10e journée du projet CaSciModOT

le 22 juin 2009 au département d'informatique de l'université de Tours

Organisateur de la journée : Patrick Martineau

Programme.

• 9h30-10h00 Accueil des participants au département d'informatique.
• 10h00-10h40 J.-Ph. Grivet (CBM, Orléans)
  Calcul des temps de relaxation en RMN à partir de simulations de dynamique moléculaire
• 10h40-11h00 F. Darboux, C. Laguerre, Q. Wang (INRA, MAPMO,Orléans)
  Générateur de surfaces rugueuses
• 11h00-11h20 N. Batakis (MAPMO, Orléans)
  Dynamique des cités : présentation du problème
• 11h20-11h40 Pause
• 11h40-12h10 Ph. Mathis (Département Aménagement, ex CESA, Polytech' Tours)
  Modèle de transport et urbanisation
• 12h10-12h50 P. Pucci (Eskape, Tours)
  Clusters de calculs : architecture et performance
• 12h50-14h30 Déjeuner
• 14h30-15h30 M. Lambeau, J.-L. Rouet (OSUC, ISTO, Orléans)
  Centre de Calcul Scientifique en région Centre: présentation et utilisation
• 15h30-16h30 S. Cordier (MAPMO, Orléans)
  AG du PPF Cascimodot, présentation du cluster Cascimodot

14e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 30 juin 2011 au CEA Le Ripault

  Organisateurs de la journée : Anne Duittoz, Philippe Simonetti

Programme sur le thème: Traitement de gros volumes de données, fouille de données, visualisation de données.

• 9h30-10h00 Accueil des participants.
• 10h00-10h30 Ismael Cognard (LPCEE, Orléans)
  Trouver un nouveau pulsar avec un radiotélescope : 30 Go de données pour une détection à 7 ou 8 sigma
• 10h30-11h00 Hélène Muranty, Leopoldo Sanchez (INRA, Orléans)
  Sélection géomique : quelles données, comment les traiter ou l'alphabet Bayésien des généticiens
• 11h00-11h30 Anne Poupon (INRA, Tours)
  HYPE, méthode hybride pour l'estimation de paramètres dans les réseaux biologiques
• 11h30-12h00 Hélène Coullon (Geo-Hyd), Emmanuel Melin (LIFO, Orléans)
  Parallélisation des problèmes Géographiques
• 12h00 buffet - déjeuner
• 13h15 Visite du Pôle Polymère Plasturgie Composite de la plateforme AlHyance Innovation
• 14h30-15h00 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
  La recherche reproductible : archiver et publier données et calculs
• 15h00-15h30 Marie-Dominique Vandamme (IFN, Nogent-sur-Vernisson)
  Entrepôt de données géolocalisées
• 15h30-16h00 Session ''démo''
  • Christian Laguerre (MAPMO, Orléans)
    Condor (présentation)
  • Jean-Louis Rouet (ISTO, Orléans)
    Gnuplot
• 16h00-16h30
  • Christine Ménache (CEA)
    Présentation du CCRT
  • Edouard Audit (Maison de la modélisation, CEA)
    Projet DIGISCOPE
  • Denis Rochais (CEA), Mireille Gaillard (GREMI, Orléans)
    Exemple d'utilisation du CCRT - Projet NANOTHERM : modélisation d'un drain thermique à l'échelle nanométrique
• 16h30 Clôture de la journée.

11e journée du projet CaSciModOT

le 11 décembre 2009, amphitéâtre de l'IRD, université d'Orléans

Organisateurs de la journée : Jean-Louis Rouet, Stéphane Cordier

Programme.

• 9h30-10h00 Accueil des participants à l'IRD
• 10h00-10h40 S. Cordier, E. Letrong, J.-L. Rouet
  Point sur le Cluster CaSciModOT et le CCSC
• 10h40-11h20 J. Dubois (ICOA et LIFO, Orléans)
  Utiliser la diversité moléculaire pour mieux explorer le vivant
• 11h00-11h40 Pause
• 11h40-12h20 R. Serra (LMR, Tours)
  Modélisation, simulation et optimisation d'une opération de tournage
• 12h20-13h00 I. Cognard (LPCEE, Orléans)
  Traitement temps réel massif au radiotélescope de Nançay à base de GPUs
• 13h00-14h30 Buffet à l'IRD
• 14h30-15h10 O. Delestre (MAPMO, Orléans)
  Full SWOF : un code pour le ruissellement
• 15h10-15h50 A. Poupon (INRA, Tours) Utilisation des diagrammes de Voronoï et des algorithmes génétiques pour l'étude des complexes protéine-protéine
• 16h00-17h00 Comité de pilotage