28e journée du projet CaSciModOT

le Jeudi 21 Juin 2018, à l'amphitéâtre Turing, Département informatique de Polytech Tours

Organisateur de la journée : Rachid Jennane, Sten Madec,  Nicolas Monmarché et Romain Yvinec.
La matinée, en lien avec le RTR image, sera l'occasion de revenir sur l'image et ses traitements numériques. Le reste de la journée sera consacrée comme à l'accoutumée au partage d'expériences autour de la modélisation et de la simulation numérique.

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00--10h30 Elodie Chaillou (PRC, INRA/CNRS/Université de Tours) et Rudy Delaplace (Imagerie et Cerveau, Université de Tours)
  <--> Impact de l’allaitement artificiel sur la maturation neuroendocrinienne évaluée par analyse de texture d’IRM
• 10h30--11h00 Cédric Viou (Station de Radioastronomie de Nançay)
  Calcul Haute Performance Temps-Réel pour le radiotélescope NenuFAR
• 11h00--11h30 Pause
• 11h30--12h00 Clément Laplaige (CITERES)
  <--> Extraction automatisée de structures archéologiques linéaires dans des images LiDAR
• 12h00-12h30  Evangelos Papoutsellis (Imagerie et Cerveau, Université de Tours)
  Dynamic PET reconstruction with edge-preserving priors
• 12h30--14h00 repas au Technopole, comité de pilotage
• 14h00--14h30 Solène Desmée (INSERM UMR 1246 – SPHERE, Tours)
  Modélisation conjointe de données longitudinales non-linéaires et de données de survie - Application au cancer de la prostate métastatique
• 14h30--15h00 Silvia Concettini (IRJI François Rabelais et Chaire Energie et Prospérité)
  Scenarios for wind-solar energy mix in Italy from regional climate simulations
• 15h00--15h30 Pause
• 15h30--16h00 Stam Nicolis (IDP, Université de Tours)
  <--> Méthodes pseudo—spectrales pour les équations Poisson-Nernst-Planck pour le cas des batteries
• 16h00--16h30 Denis Maurel  (Lifat, Université de Tours) et Anne Poupon (PRC, INRA/CNRS/Université de Tours)
  Apprendre de la littérature scientifique : Les réseaux de signalisation en biologie systémique
• 16h30--17h00 Conclusions de la journée et discussions

17e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 6 décembre 2012 à l'UFR Sciences de l'université d'Orléans

Organisateurs de la journée : Simona Mancini et Sylvain Jubertie.

Programme

• 9h45-10h15 Accueil des particsipants


• 10h15-10h45 Patxi Ritter (LPCEE, Orléans)
  Modélisation d'ondes gravitationnelles
• 10h45-11h15 Joeffrey Légaux (LIFO, Orléans)
• 11h15-11h45 Thomas Haberkorn (MAPMO, Orléans)
  Transfert interplanétaire et contrôle optimal
• 11h45-12h15 C. David (société Neodyme)
• 12h15 déjeuner au restaurant le Lac sur le campus


• 14h00-14h30 Nicolas Saby (INRA, Orléans)
  Modélisation statistique de la distribution spatio-temporelle des propriétés du sol à l'échelle de la France
• 14h30-15h00 Christian Laguerre (MAPMO, Orléans)
  Parallélisation de l'équation de Saint-Venant avec SkelGIS et MPI
• 15h00-15h30 Indira Molina (ISTO, Orléans)
  Convection et dégazage d'un système magmatique : le cas du lac de lave de l'Erebus, Antarctique
• 15h30-16h00 Cécile Louchet (MAPMO, Orléans)
  Statistiques fonctionnelles pour l'imagerie hyperspectrale
• 16h00 pause


• 16h15-16h45 Gareth Leng (University of Edinburgh)
  Bursting in vasopressin neurons
• 16h45-17h15 Anne Duittoz (INRA, Tours)
  Réseau de neurones GnRH : aspects spatiaux et temporels
• 17h15 Clôture de la journée

18e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 26 juin 2013à l'université de Tours, Faculté des Sciences et Techniques, Amphi E030.

Organisateur de la journée : Guy Barles et Anne Duittoz.

Programme

• 9h15 Accueil des participants
• 10h00 Maitine Bergounioux (FDP-MAPMO, Orléans)
  Modèles de segmentation pour l'angiographie cérébrale
• 10h30 Denis Mulleman (GICC, Tours)
  Imagerie et réponse au traitement par anticorps anti TNF alpha dans la polyarthrtie rhumatoïde
• 11h00 Jérôme Barthélemy (Groupe Articque Solutions)
  GéoIntelligence : vers des solutions collaboratives
• 11h20 Isabelle Sauvage (IBM France)
  IBM met la technologie Flash au cœur des systèmes d'information pour aider à accélérer les applications d’analyse de données dans le domaine du Big Data
• 12h00 déjeuner
• 14h30 David Ternant (GICC, Tours)
  Apport de la modélisation pharmacocinétique et PK-PD dans l'étude de la variabilité de l'effet des anticorps thérapeutiques dans les maladies inflammatoires
• 15h00 Nicolas Azzopardi (GICC, Tours)
  Apport de la modélisation pharmacocinétique et PK-PD dans l'étude de la variabilité de l'effet des anticorps thérapeutiques anticancéreux
• 15h30 F. Moatar, F. Curie (GéHCO, Tours) et E. Melin (LIFO, Orléans)
  Simulation de la température des cours d'eau à une échelle régionale à l'aide du calcul parallèle
• 16h00 Elodie Chaillou (PRC-INRA), Jean-Yves Ramel (LI, Tours)
  Création d'atlas du cerveau de brebis: intérêt d'une approche basée graphe
• 16h30 Discussion générale et dernières nouvelles de Cascimodot
• 17h30 Fin de la journée

19e journée du projet CaSciModOT

le mardi 26 novembre 2013, campus de l'université d'Olréans, amphitéâtre de l'IRD, 5 rue du Carbone

Organisateurs de la journée : Sophie Robert et Jean-Louis Rouet.

Programme

• 9h00 Accueil des participants à l'IRD
• 10h00 Nicolas Debarsy (LEO, Orléans)
  le projet VITAMINES
• 10h20 Deborah Lucas (MAPMO, Orléans)
  le projet Dynamo
• 10h40 Jean-Baptiste Saes (Neodyme)
  Savoir faire de Neodyme en maillage et modélisation 3D sur le risque industriel
• 11h10 Serge Galam (CNRS), Alexandre Delanoë (Mines ParisTech, CSI et EHESS, CAMS)
  Extraire des données de la presse pour découvrir ce qui les produit : le cas de la controverse sur la mort anormale de l'abeille
• 12h00 déjeuner au restaurant l'Agora
• Session ''démo''
  • 14h00 Alex Upellini (Wolfram)
    Technologies Wolfram
  • 14h30 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
    Active Paper
• 15h00 Christophe Cerqueirau (groupe Cyrès)
  Big Data
• 15h30 Kirill Okhotnikov (CEMHTI, Orléans)
  Exploration of material properties : Interactive approach at atomic scale
• 16h00 Alain Cabrel Ngandjong (CRMD)
  Modélisation Monte Carlo de nanoparticules métalliques : Effet du support de silice amorphe
• 16h20 François Nemo, Mélanie Petit (LLL)
  Discrimination automatique du sens d'emploi des mots par l'intonation
• 17h00-17h30 Discussions et projet MISC
• 17h30 Clôture de la journée

20e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 19 juin 2014, à l'université de Tours,
au Centre d'étude supérieure de la Renaissance CESR, Salle Rapin, 59 Rue Néricault-Destouches

Organisateurs de la journée : Anne Duittoz, Patrick Martineau, Gerald Kneller, Déborah Nourrit,
Cette journée a aussi la particularité d'être la première journée du projet de la Maison Interdisciplinaire pour les Systèmes Complexes (MISC)

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00 P. Vendrix (CESR, Tours)
  Présentation d'Ipat et de Biopatic
• 10h15 L. Rageot (MSH, Tours)
  Présentation de l'atelier numérique de la Maison des Sciences de l'Homme Val de Loire
• 10h30 J. Dargaisse (Cantine numérique, Tours)
  Présentation de la cantine numérique
• 11h00 A. Batakis (MAPMO, Orléans)
  Géométrie fractale de l'urbanisme
• 11h30 O. Baude (LLL, Orléans))
  Présentation de la TGIR Humanum
• 12h00 déjeuner
• 14h00 G. Sauvannet (Tours)
  Association "autour du train"
• 14h30 B. Piégu (INRA, Tours)
  Parallélisation de dotter
• 15h00 S. Madec et C. Suppo (LMPT et IRBI, Tours)
  Dynamique des populations ; modèles proies-prédateurs
• 15h30 K. Hinsen (CBM, Orléans)
  Comment rendre les simulations moléculaires reproductibles
• 16h00 Le paysage des projets interdisciplinaires en région Centre (CaSciModOT, MISC, ...), Numérinov et discussion générale
• 17h00 Fin de la journée

21e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 17 décembre 2014, à l'université de d'Orléans, Observatoire des Sciences de l'Univers en région Centre (OSUC), Batiment ISTE

Organisateurs de la journée : Déborah Nourrit, Jean-Louis Rouet. Cette journée a aussi la particularité d'être la deuxième journée du projet de la Maison Interdisciplinaire pour les Systèmes Complexes (MISC).

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h00 A. Sbai (BRGM)
  FracMesher2D : A free software for meshing two-dimensional fractured porous media by a constrained Delaunay-based method
• 10h30 A. Duittoz et C. Georgelin (INRA et LMPT, Tours)
  "Playing pools" ou comment modéliser la sécrétion pulsative des neurones à GnRH
• 11h00 A. Kourta, N. Mazellier (PRISME, Orléans)
  Calcul d'écoulements turbulents autour de véhicule terrestre ou aérien
• 11h30 Pause
• 11h45 D. Nourrit (MAMO, Orléans)
  Une dimension fractale du processus d'apprentissage moteur
• 12h15 G. Richard (ISTO, Orléans)
  Formation d'un Océan de Magma profond: Un modèle numérique
• 12h45 déjeuner
• 14h30 T. Dugé de Bernonville (Biomolécules et Biotechnologies Végétales, Tours)
  Exploiting Catharanthus roseus transcriptome resources to elucidate the biosynthesis of monoterpene indole alkaloids
• 15h00 S. Cadars (CEMHTI, Orléans)
  Modélisation du désordre associé aux substitutions atomiques dans les matériaux
• 15h30 I. Gokalp et I. Fedioun (ICARE, Orléans)
  Simulation numérique des écoulements réactifs dans le cadre du Labex CAPRYSSES
• 16h00 Discussion générale, projet MISC et présentation du nouveau Centre de Calcul en région Centre (CCSC)
• 16h30 Inauguration de la nouvelle infrastructure du CCSC

22e journée du projet CaSciModOT

le mercredi 8 juillet 2015, à l'université de Tours, site du plat d'étain, amphitéâtre Beaumont (amphi D)

Organisateur de la journée : David Ternant

Programme

• 9h30 Accueil des participants
• 10h--10h30 Rachid Jennane (I3MTO, Orléans)
  Caractérisation morphologique et biomécanique du tissu osseux
• 10h30--11h Yann Jullian (CaSciModOT, Tours)
  Filtrage non-local 4D d'images TEP dynamiques et Retour d'expériences sur l'accélération et la restructuration de codes
• 11h--11h30 Pause
• 11h30--12h Cyrille Piatecki (LÉO, Orléans)
  Matching dynamics in a multi-agents setting
• 12h--12h30 Yann Jullian (Cascimodot, Tours)
  Accélération et restructuration de codes, retour d'expériences
• 12h30--14h30 Pause déjeuner
• 14h30--15h Nicolas Azzopardi (GICC, Tours)
  Modélisation de la relation dose-concentration-effet des anticorps thérapeutiques - Vers une approche mécanistique
• 15h--15h30 Hélène Blasco (LBBM, Tours), Jean-Charles Billaut (LI, Tours) et Roman Slowinski (Institute of Computing Science, Poznań University)
  Comparaison d'une méthode d'analyse multivariée OPLS-DA et d'une méthode de fouille de données pour l'identification de biomarqueurs de Sclérose Latérale Amyotrophique par approche métabolomique
• 15h30--15h50 Laurent Catherine (OSUC, Orléans)
  Artemis ou les nouveaux outils du CCSC
• 15h50--16h Gerald Kneller (CBM, Orléans)
  Appel à projets de la MISC
• 16h30 Fin de la journée
• 16h30--17h30 Comité de pilotage CaSciModOT-MISC

15e journée du projet CaSciModOT

le mardi 13 décembre 2011 au Centre INRA d'Orléans,salle J. Chaussidon

Organisateurs de la journée : Frédéric Darboux et Carine Lucas.

Le 1er concours Cascimodot !

En connexion avec le thème de la journée, nous vous demandons de proposer une définition imagée de la modélisation. Une phrase de la forme "La modélisation, c'est comme _____ : ______." (du genre "La modélisation, c'est comme partir en voyage : vaut mieux avoir quelques bagages avec soi"). Le concours est clos, les propositions et résultats sont disponibles ci-dessous.

Programme sur le thème "ModélisationS"

• 09h15-09h45 Accueil des participants
• 09h45-09h50 Frédéric Darboux (Science du sol, INRA, Orléans)
  Introduction
• 09h50-10h05 Gabriel Bergounioux (LLL, Orléans)
  Etymologie et morphologie : ce que veut dire modélisation
• 10h05-10h25 Christelle Apha Niango, Hélène Muranty et Leopolod Sanchez (AGPF-INRA, Orléans)
  Modèles pour la simulation en génétique quantitative et de populations
• 10h25-10h45 Elodie Charles (BRGM, Orléans)
  Régionalisation dynamique des conditions de vague dans le Golfe de Gascogne pour différents scénarios futurs d'émission de gaz à effet de serre
• 10h45-11h05 Manuel Martin (Infosol-INRA, Orléans), J. Sierra, D. Delannoy , D. Ripoche, D. Arrouays et N. Brisson
  Comportement de deux modèles de dynamique de la matière organique dans les sols à l'horizon 2100
• 11h05-11h20 Frédéric Darboux (Science du sol, INRA, Orléans)
  Rédaction en ligne : Etherpad et ScribTeX (démonstration)
• 11h20-11h35 Carine Lucas (MAPMO, Orléans)
  Développement avec SourceSup (démonstration)
• 11h35-11h45 Konrad Hinsen (CBM, Orléans)
  Gestion de versions avec Mercurial (démonstration)


• 11h45-13h30 Pause déjeuner (assurée sur place)


• 13h30-14h00 François James (MAPMO, Orléans) et Pascal Brault (GREMI, Orléans)
  Un modèle de particules en interaction pour une équation d'interface
• 14h00-14h20 Line Jourdain (LPC2E, Orléans)
  Étude du devenir et de l'impact des composés halogénés émis par les volcans à l'aide d'un modèle atmosphérique méso-échelle
• 14h20-14h50 Anne Poupon (BIOS-INRA, Tours)
  Inférence de réseaux biologiques à partir des données expérimentales
• 14h50-15h05 Stéphane Cordier (MAPMO, Orléans)
  Le point sur Cascimodot
• 15h05-15h15 Propositions au concours de "La meilleure définition imagée de la modélisation" (vote)
  Résultat du vote par une méthode d'approbation :
  

  Récipiendaires du premier concours, à gauche C. Louchet, 1er prix pour la proposition 9, à droite F. James et G. Barles 2ème et 3ème ex aequo pour les propositions 26 et 24 (tous sont de la FDP, est-ce un hasard ?)

• 15h15-15h35 Pause café
• 15h35-16h05 Christophe Hurlin (LEO, Orléans)
  Modélisation économique interactive : projet RunMyCode
• 16h05-16h20 Yves Martinez (MAPMO, Orléans)
  Différents critères d'optimalité en plans d'expérience. Un exemple d'application en milieu industriel
• 16h20-16h50 Frédéric Loulergue (LIFO, Orléans)
  Modélisation en théorie des types : application au développement de programmes parallèles corrects

16e journée du projet CaSciModOT

le jeudi 21 juin 2012 au département d'informatique de l'université de Tours

Organisateur de la journée : Patrick Martineau.

Programme sur le thème: GPU (entre-autres)

• 10h0-10h30 Accueil des participants
• 10h30-12h00 Sylvain Jubertie (LIFO, Orléans)
  Séance sur les GPU : tutoriel
• 12h00 déjeuner
• à partir de 14h00
  • Jean-Yvess Ramel (LI, Tours)
    Le projet Google "Étude des documents anciens"
  • Xavier Druart (INRA, Tours)
    Sur la mobilité des spermatozoïdes
  • Thierry Brouard (LI, Tours)
    Utilisation des GPU (rappel sur l'intérêt et l'évolution des langages), sous réserve
  • Simona Mancini (MAPMO, Orléans)
    Sur un modèle d'aide à la décision en neurosciences
  • Laurent Catherine, Stéphane Cordier, Jean-Louis Rouet
    Présentation du projet du nouveau site Web et du formulaire pour l'annuaire CaSciModOT
• 17h00 Clôture de la journée

38e journée du projet CaSciModOT

a eu lieu le vendredi 07 juillet 2023, à Tours, campus Grandmont.

Programme :

• 9h30-10h00 : Accueil, café
• 10h-10h45 : Bruno Galerne (IDP, Université d'Orléans) :
  Scaling Painting Style Transfer
• 10h45-11h30 : Line Jourdain (LPC2E) :
  Évaluation de la simulation des émissions de méthane par les tourbières par un modèle climatique
• 11h30-12h00 : Firasse Fayad (ICMN) :
  Analyse numérique de la captation de CO2 dans un matériau composite innovant : Ciment-carbone
• 12h-13h30 : Repas
• 13h30-14h15: Frédéric Gosselin (INRAE) :
  runMCMCbtadjust : package R pour faciliter l’utilisation de « Monte-Carlo Markov Chains » (MCMC) en statistique Bayésienne
• 14h15-15h00 : Hermine Biermé (IDP, Université de Tours) :
  Modélisation stochastique anisotrope pour la micro-architecture osseuse
• 15h00-15h30 : Nhat Huynh (LIFAT) :
  Recherche d'architectures neuronales par croissance de réseaux
• 15h30-16h00 : Retour sur un RV avec Denergium, autour du calcul et de sa consommation énergétique
• 16h00-16h30 : Retour sur l'avis de l'Hceres

Organisateurs de la journée : Romain Yvinec